V nožničnem brisu je možno opazovati vaginalno floro in favno, prav tako je mogoče oceniti, kakšna je vaginalna higiena. V flori nožnice sta v glavnem prisotni dve skupini bakterij: kokoidne bakterije in laktobacili. Ob uravnoteženi prisotnosti obeh imamo »mešano floro«. V skrajnih primerih pa lahko opazimo bodisi močno razraščanje kokoidnih bakterij ali pa presežek laktobacilov. V obeh primerih gre za porušeno ravnovesje vaginalne flore, ki jo lahko spremljajo še dodatne težave, kot sta neprijeten vonj in prekomeren izcedek. Od obeh skrajnosti se najpogosteje srečujemo s pretiranim razraščanjem kokoidnih bakterij, ki izzovejo bakterijsko vaginozo (BV). Težavo spremlja izcedek z vonjem po ribah – ta nastane zaradi aminov, ki jih proizvajajo kokoidne bakterije (Pinkster, 1998).

Na delu nožnice ob materničnem vratu se nahaja žepkom podoben nožnični svod ali forniks, zlasti ob zadnjem forniksu pa se lahko nabirajo izločki in odmrle celice. Z zastajanjem izločkov v forniksu se ustvari idealno okolje za nastajanje anaerobne kokoidne flore.

Ugotovili smo, da obstaja določena povezava med vaginalno bakteriozo in spolnim občevanjem. Po spolnem odnosu brez zaščite se pH v nožnici znatno zviša, kar pomeni, da namesto kislega nastane rahlo alkalno okolje (Tevi-Benissan, 1997). V alkalnem okolju se kokoidne bakterije izjemno naglo razraščajo, vrhunec razvoja dosežejo približno 36 ur po "alkalnem šoku" zaradi semenskega izliva. Kokoidne bakterije se ne razvijajo, če se po spolnem odnosu nožnica izpere (Boon 1996).

Druga skrajnost, ki jo je moč opaziti v vaginalni flori, je prekomerno razraščanje laktobacilov (laktobaciloza), ki lahko povzroči vrsto težav in jo pogosto povezujejo s kandido. O laktobacilozi je znanega zelo malo, in ker so simptomi običajno podobni tistim pri pojavu kandide, jih obravnavajo podobno kot kandidiazo, vendar neuspešno.